南昌大学药学专业于2000年7月开始招生，当时挂靠于原江西医学院基础医学部，2002年12月成立江西医学院药学系，2005年8月药理教研室及临床药理教研室由基础医学部划归药学系，并随着学校合并更名为南昌大学药学系，2012年9月更名为南昌大学药学院。 学院下设药理学、临床药理学、药物化学、药物分析学、药剂学、天然药物化学、药事管理与药品营销学、生物制药学、药用植物与生药学9个教研室、1个药学实验中心、1个新药研发中心实验室。建有2个省级重点实验室（江西省基础药理学重点实验室与江西省临床药物代谢动力学重点实验室），1个省级研究生教育创新基地，2个校级研究所（南昌大学临床药理研究所及南昌大学药物研究所）。拥有药学一级学科硕士学位授权点，涵盖药理学、药物化学、药物分析学、药剂学、生药学、天然药物化学、临床药理学等。药学一级学科为江西省“十二五”重点学科，药理学为江西省“十一五”重点学科，《药理学》课程荣获江西省精品资源共享课程，《药用植物学》、《生药学》课程荣获南昌大学优秀网络示范课程。